สถานีพัฒนาที่ดินกำแพงเพชร ก่อตั้งเมื่อวันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2508 มีชื่อว่า “หน่วยจัดและพัฒนาที่ดินกำแพงเพชร” สังกัดกองนโยบายที่ดิน กรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ ปฏิบัติงานโครงการจัดและพัฒนาที่ดิน โดยมติคณะรัฐมนตรี วันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2508 เพื่อทำการจัดและพัฒนาที่ดินบางส่วนของพื้นที่ป่าสงวนแห่งชาติคลองสวนหมากคลองขลุง พื้นที่ 72,000 ไร่ เขตตำบลนครชุม ตำบลไตรตรึงษ์ ตำบลนาบ่อคำ และตำบลโป่งน้ำร้อน อำเมือง จังหวัดกำแพงเพชร โดยทำการจัดและพัฒนาที่ดินแล้วเสร็จจึงได้ประสานงานให้กรมที่ดิน กระทรวงมหาดไทย เข้ามาดำเนินการออกเอกสารสิทธิ์ น.ส.3 ก และโฉนดที่ดินให้กับเกษตรกร จำนวน 4,698 ครอบครัว ดำเนินการแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2520
ในปี พ.ศ. 2521 กรมพัฒนาที่ดิน ได้มีคำสั่งให้โอนข้าราชการ อาคาร สถานที่และทรัพย์สิน ทั้งหมดของหน่วยจัดและพัฒนาที่ดินแห่งนี้ ซึ่งผ่านความเห็นชอบของสำนักงาน กพ.ให้จัดตั้งเป็น “ศูนย์พัฒนาที่ดินจังหวัดกำแพงเพชร” สังกัดกองบริรักษ์ที่ดิน กรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ต่อมาเมื่อ ปี 2528 มีพระราชกฤษฎีกา ว่าด้วยการแบ่งส่วนราชการของกรมพัฒนาที่ดิน โดยแบ่งออกเป็น 2 ส่วน คือ ส่วนกลางและส่วนภูมิภาค ส่วนกลางแบ่งส่วนราชการออกเป็น 10 กอง และส่วนภูมิภาค แบ่งออกเป็นสำนักงานพัฒนาที่ดินเขต จำนวน 12 เขต และศูนย์พัฒนาที่ดินกำแพงเพชรเปลี่ยนชื่อเป็น “สถานีพัฒนาที่ดินกำแพงเพชร” สังกัดสำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 9 กรมพัฒนาที่ดิน จนถึงปัจจุบัน