กรมพัฒนาที่ดิน ได้มีการก่อตั้ง เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม 2506 โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษาให้ใช้พระราชบัญญัติ 3 ฉบับ คือ

    1. พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2506

    2. พระราชบัญญัติ โอนกิจการบริหารของกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2506

    3. การตั้งกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติขึ้นใหม่

โดยรวมงานของกระทรวงสหกรณ์ที่มีอยู่เดิมเข้าอยู่ในกระทรวงใหม่นี้ด้วย มีหน่วยงานในสังกัดทั้งหมด 13 หน่วยงาน ซึ่งกรมพัฒนาที่ดินเป็นกรมหนึ่งที่ได้รับจัดตั้งครั้งนี้

มีหน่วยงาน ได้แก่

    1) สำนักงานเลขานุการกรม

    2) กองจำแนกดิน

    3) กองบริรักษ์ที่ดิน

    4) กองนโยบายที่ดินและแผนงาน

    5) กองปฏิบัติการสนามสำรวจดิน

พร้อมกันนั้นได้มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรีเรื่องแต่งตั้งข้าราชการพลเรือน เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม 2506 แต่งตั้ง นายบรรเจิด พลางกูร ผู้เชี่ยวชาญทางดินและปุ๋ย

กรมกสิกรรม ดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมพัฒนาที่ดิน พระราชกฤษฎีกา พ.ศ. 2518 ให้ยกเลิกพระราชกฤษฎีกา การแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ พ.ศ. 2506 และให้แบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน อยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ มีหน่วยงานที่รับผิดชอบ คือ

    1) สำนักงานเลขานุการกรม

    2) กองคลัง

    3) กองนโยบายที่ดินและแผนงาน

    4) กองสำรวจดิน

    5) กองจำแนกดิน

    6) กองบริรักษ์ที่ดิน

    7) กองวิเคราะห์ดิน

    8) กองช่าง

โดยกองแผนงาน เป็นส่วนหนึ่งของกองนโยบายที่ดินและแผนงาน ตามพระราชกฤษฎีกาการแบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2518 โดยมี นายสิทธิลาภ วสุวัต เป็นผู้อำนวยการกอง ซึ่งมีหน่วยงานภายใต้กองนโยบายที่ดินและแผนงาน ดังนี้

    1) ฝ่ายนโยบาย

    2) ฝ่ายแผนงาน

    3) ฝ่ายวิเทศสัมพันธ์

ต่อมาพระราชกฤษฎีกา พ.ศ. 2527 แบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 20 เมษายน 2527 กำหนดให้มีหน่วยงาน จำนวน 22 หน่วยงาน ประกอบด้วย

    1) สำนักงานเลขานุการกรม

    2) กองการเจ้าหน้าที่

    3) กองคลัง

    4) กองช่าง

    5) กองแผนงาน

    6) กองแผนที่และการพิมพ์

    7) กองวางแผนการใช้ที่ดิน

    8) กองวิเคราะห์ดิน

    9) กองสำรวจและจำแนกดิน

    10) กองอนุรักษ์ดินและน้ำ สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 1-12

โดยแยกฝ่ายแผนงาน ออกจากกองนโยบายที่ดินและแผนงาน ดังนั้น กองแผนงานจึงได้รับการจัดตั้งอย่างถูกต้องตามกฎหมาย เมื่อวันที่ 20 เมษายน 2527 โดยมี

นายไพรวรรณ เรศานนท์ เป็นผู้อำนวยการกองแผนงาน คนแรก และมีหน่วยงานภายใต้ กองแผนงานในระยะแรก ประกอบด้วย

    1) ฝ่ายบริหารทั่วไป

    2) ฝ่ายแผนงาน

    3) ฝ่ายโครงการพิเศษ

    4) ฝ่ายติดตามและประเมินผล

    5) ฝ่ายวิเทศสัมพันธ์