สถานีพัฒนาที่ดินนครนายก ตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2518 โดยใช้ชื่อว่า สถานีปรับปรุงบำรุงดินนครนายก เพื่อเป็นศูนย์กลางสำหรับทดลอง
ค้นคว้าและวิจัยการปรับปรุงดินเปรี้ยว เป็นสถานที่ช่วยเหลือเกษตรกรปรับปรุงดินเปรี้ยว สังกัดกองบริรักษ์ที่ดิน กรมพัฒนาที่ดิน
จนกระทั่งปี พ.ศ.2527 ได้มีการแบ่งส่วนราชการใหม่ จึงได้ชื่อใหม่ว่า สถานีพัฒนาที่ดินจังหวัดนครนายก แต่เนื่องจากเป็นหน่วยงาน
ส่วนกลาง จึงเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น สถานีพัฒนาที่ดินนครนายก สังกัดสำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 1 กรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตร
และสหกรณ์ จวบจนถึงปัจจุบัน
